Scooby Doo a jeho parta cestujú do Japonska. Počas oslavy ich napadnú nindžovia a tak začína ďalšia záhada. Budú musieť vyriešiť prastaré hádanky. Medzi tým Scooby Doo a Shaggy dostanú výcvik od japonského samuraja a sami sa potom stanú samurajmi. Ich úlohou bude prejsť 4 bránami živlov a tak nájsť zeleného draka, ktorý stráži meč osudu. Pomocou meča zvíťazia nad čiernym samurajom, ktorý zase vlastní meč záhuby.
